En el caso de determinados cánceres de la sangre, como la leucemia mieloide aguda (LMA) y el síndrome mielodisplásico (SMD), la decisión de si los pacientes necesitan un tratamiento agresivo suele depender de un conjunto de pruebas de laboratorio para identificar cambios genéticos.

Algunas de estas pruebas se basan en una tecnología que se inventó hace más de 60 años y que se ha utilizado clínicamente durante las últimas tres décadas.

Ahora, un nuevo estudio de la Facultad de Medicina de la Universidad de Washington en San Luis demuestra que la secuenciación del genoma completo es al menos tan precisa y a menudo mejor que las pruebas genéticas convencionales que ayudan a determinar el tratamiento del cáncer de sangre de un paciente.

La tecnología de secuenciación del genoma disminuye continuamente su coste y recientemente ha alcanzado un nivel similar al de las pruebas convencionales.

Además, los resultados pueden devolverse a los pacientes en tan sólo unos días, lo que convierte la secuenciación del genoma completo en un método potencialmente viable para determinar el mejor régimen de tratamiento para un paciente concreto.

El estudio se publica en The New England Journal of Medicine.

"La elección de la terapia adecuada para los pacientes con cáncer suele depender de la identificación de una serie de cambios genéticos de distinto tipo en las células tumorales del paciente", afirma el autor principal, el doctor David H. Spencer, profesor adjunto de medicina y director médico de la instalación de secuenciación clínica del Instituto del Genoma McDonnell.

"Nuestro estudio sugiere que la secuenciación del genoma completo es un enfoque fiable y práctico para detectar todos los cambios que son importantes para evaluar el riesgo de recaída de los pacientes con LMA y SMD, utilizando una sola prueba.

Este enfoque puede llevarse a cabo cuando los métodos de análisis convencionales no tienen éxito y también podría aplicarse a otros tipos de cáncer, incluidos los tumores sólidos.

Esto significa que los pacientes con otros tipos de cáncer podrían eventualmente beneficiarse de la secuenciación clínica rápida del genoma".

El estudio se centró en pacientes con LMA, un cáncer de la sangre que surge en la médula ósea, y SMD, un grupo de trastornos en los que la médula ósea no produce suficientes células sanguíneas normales.

Ambos suelen ser mortales, pero muchos pacientes pueden ser tratados con mayor eficacia si reciben la terapia adecuada.

Los pacientes con leucemia o SMD se dividen en tres categorías de riesgo según los resultados de las pruebas genéticas.

Los pacientes de riesgo favorable suelen ser tratados sólo con quimioterapia.

Los pacientes de riesgo desfavorable suelen necesitar un tratamiento más intensivo en el momento del diagnóstico, normalmente quimioterapia y un trasplante de células madre (antes llamado trasplante de médula ósea).

Para los pacientes de riesgo intermedio, el enfoque de tratamiento óptimo no está tan claro, y sus regímenes de tratamiento pueden variar, dependiendo del estado de salud de cada paciente, sus preferencias personales y la orientación de los médicos.

Durante casi tres décadas, los pacientes han sido asignados a estas categorías de riesgo en función del aspecto de sus cromosomas bajo el microscopio.

Más recientemente, los médicos han empezado a incorporar al análisis la secuenciación genética de un número limitado de genes, pero dicha secuenciación no suele identificar todos los cambios que son importantes para orientar las decisiones de tratamiento.

La secuenciación del genoma completo puede identificar cambios en cromosomas y genes, pero rara vez se realiza fuera de los estudios de investigación debido a su coste y al tiempo que puede llevar secuenciar y analizar un genoma completo.

"Para este tipo de cánceres de la sangre, el análisis cromosómico convencional es una parte fundamental del diagnóstico estándar", dijo Spencer.

"Sabemos por estudios de investigación que la secuenciación del genoma completo puede detectar este tipo de anomalías cromosómicas, por lo que esa parte de nuestro estudio no es terriblemente sorprendente.

Lo que demostramos es que la secuenciación del genoma ha llegado a un punto en el que ya es práctica, rápida, económica, clínicamente factible y accesible para las pruebas rutinarias de los pacientes."

Según los investigadores, los costes técnicos de la secuenciación en este estudio fueron de unos 1.900 dólares por paciente. Esta cantidad es similar al coste de laboratorio de las pruebas genéticas convencionales para un paciente con LMA, que suele ser de 1.000 a 2.000 dólares.

En el nuevo estudio, los investigadores -entre los que se encuentran los coautores Eric J. Duncavage, MD, profesor de patología e inmunología; Molly C. Schroeder, PhD, profesora adjunta de patología e inmunología; y Timothy J. Ley, MD, profesor de medicina Lewis T. y Rosalind B. Apple- evaluaron muestras de sangre de 263 pacientes con estos cánceres sanguíneos mediante la secuenciación de los genomas completos de los pacientes, y compararon estos resultados con las pruebas genéticas tradicionales de los mismos pacientes.

Los pacientes fueron tratados en el Centro Oncológico Siteman del Hospital Barnes-Jewish y en la Facultad de Medicina de la Universidad de Washington.

Los investigadores descubrieron que la secuenciación del genoma completo identificaba las mismas anomalías genómicas principales que el método convencional -llamado cariotipo- y, lo que es más importante, identificaba anomalías genéticas adicionales en el 17% de los casos.

De los 263 pacientes, 117 eran pacientes recién diagnosticados; las muestras de los demás pacientes se analizaron retrospectivamente.

En los pacientes recién diagnosticados, la secuenciación del genoma completo encontró información genética adicional en aproximadamente el 25% de los casos.

Esta nueva información cambió la categoría de riesgo de 19 pacientes.

En general, el cambio de la categoría de riesgo puede alterar las opciones de tratamiento de los pacientes.

Los investigadores también demostraron que esta secuenciación podía realizarse con relativa rapidez, devolviendo los resultados en una media de cinco días pero en tan sólo tres.

Uno de los inconvenientes del cariotipo es que algunos pacientes obtienen resultados no concluyentes.

El cariotipo requiere una muestra que contenga células vivas, y a veces la muestra no contiene suficientes células vivas para determinar la categoría de riesgo del paciente. La secuenciación del genoma completo, en cambio, no requiere células vivas. Sólo utiliza una pequeña muestra de ADN de las células cancerosas del paciente.

En este estudio, los investigadores descubrieron que la secuenciación del genoma completo podía estratificar con precisión el riesgo de los pacientes cuyos resultados no eran concluyentes en los análisis tradicionales basados en el cariotipo.

Según los investigadores, los resultados no concluyentes o los fallos del ensayo pueden darse hasta en un 20% de los pacientes con LMA.

"Los resultados no concluyentes son extremadamente frustrantes, porque queremos poder ofrecer a los pacientes el tratamiento más adecuado al inicio de la terapia.

Aunque las pruebas genéticas limitadas son valiosas, pueden pasar por alto hallazgos importantes que a menudo son relevantes para la elección de la terapia.

Llevamos años trabajando para agilizar la secuenciación del genoma completo de modo que pueda utilizarse de forma rutinaria", afirma Ley, que dirigió el equipo del Instituto del Genoma McDonnell que secuenció el primer genoma del cáncer (de un paciente con LMA) hace apenas 12 años.

"La secuenciación de genomas completos del cáncer, que se realizó por primera vez aquí en la Universidad de Washington, revolucionó nuestra comprensión del cáncer y de cómo puede tratarse", dijo Schroeder.

"Fue emocionante trabajar en este proyecto porque demuestra que la secuenciación del genoma completo ha madurado hasta convertirse en una herramienta eficiente y práctica que es clínicamente útil para las pruebas de los pacientes cuando reciben un diagnóstico de LMA o SMD".

Según Spencer, la mayoría de los pacientes cuya categoría de riesgo cambió según el enfoque del genoma completo pasaron a categorías de riesgo menos favorables.

Esto sugiere que la secuenciación del genoma completo puede ser capaz de identificar de forma más consistente a los pacientes en la categoría de riesgo desfavorable, permitiéndoles recibir la terapia más apropiada por adelantado.

Los investigadores seguirán evaluando la secuenciación del genoma completo en pacientes con LMA y SMD como parte de los ensayos clínicos.

Además, la secuenciación del genoma completo se ofrecerá a los pacientes con LMA y SMD tratados en el Siteman Cancer Center. La financiación del ensayo de secuenciación del genoma completo, denominado ChromoSeq, correrá a cargo de BJC HealthCare.

"Uno de los aspectos más atractivos de este estudio es que los resultados son inmediatamente trasladables a la atención de los pacientes", dijo Duncavage.

"En colaboración con el Instituto del Genoma McDonnell y el Departamento de Patología e Inmunología, nos complace lanzar una versión clínica de este ensayo que estará disponible para los pacientes.

Estamos orgullosos de poder ofrecer la secuenciación del genoma completo a los pacientes de LMA y SMD, y esperamos ampliarlo a otros tipos de cáncer muy pronto."

El doctor Peter Campbell dirige los estudios de secuenciación del genoma del cáncer en el Instituto Wellcome Sanger de Cambridge (Reino Unido).

"Estamos en el umbral de una era en la que podemos identificar en tiempo real cada cambio genético relevante en el cáncer de un determinado paciente", dijo Campbell, que no participó en este trabajo.

"Este fascinante estudio demuestra, en primer lugar, que esta tecnología puede aplicarse en la práctica clínica del mundo real y, en segundo lugar, que podemos elegir con mayor precisión los tratamientos para los pacientes con cánceres de sangre.

Nuestra tarea es ahora tomar este modelo para los cánceres de la sangre y aplicarlo a todos los cánceres."

Fuente: Washington University School of Medicine